На основании телеграфного распоряжения начальника штаба войсковой части 64189 от 15 ноября 1979 г. было начато формирование войсковой части 15543 (136 отдельного вертолетного отряда гражданской обороны (ОВО ГО)) в г. Красноярске. Организационно отряд входил в состав Сибирского военного округа. С 1979 г. по 1981 г. шло формирование наземной базы отряда, а также началось поступление вертолетов. К началу 1982 г. отряд был полностью сформирован.
В феврале 1992 г. на основании Указа Президента Российской Федерации от 18.12.1991 г. 136 ОВО ГО был передан в подчинение Государственного Комитета по делам Гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий и организационно вошел в состав Восточно-Сибирского регионального центра. В мае 1998 г. в отряде проведены организационно-штатные мероприятия.
В феврале 2000 г. на основании организационно-штатных мероприятий в соответствии с директивой от 29.11.1999 г. МЧС России 136 ОВО был переформирован в 235 Отдельную смешанную авиационную эскадрилью (ОСАЭ) с местом дислокации г. Красноярск.
1 октября 2006 года 235 ОСАЭ на основании директивы МЧС России от 30.06.2006 г. была переформирована в Авиационную базу (Сибирского регионального центра по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий) с прежним местом дислокации и сохранением условного наименования - войсковая часть 15543.
С 1 ноября 2010 года на основании директивы МЧС России от 31.08.2010 г. авиационная база (Сибирского регионального центра по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий) (в/ч 15543) переформирована в Авиационно-спасательный центр (Сибирского регионального центра МЧС России) (в/ч 15543) с постоянным местом дислокации город Красноярск.
С 1 сентября 2011 года на основании директивы МЧС России от 16.06.2011 г. Авиационно-спасательный центр (Сибирского регионального центра МЧС России) (в/ч 15543) переформирован Федеральное государственное бюджетное учреждение «Авиационно-спасательный центр (Сибирского регионального центра МЧС России)» и аннулировано условное наименование «Войсковая часть 15543».
На основании распоряжения Правительства Российской Федерации от 28.04.2014 г. «О присвоении почетных наименований спасательным воинским формированиям МЧС России» авиационно-спасательному центру присвоено почетное наименование «Красноярский».
С 31 октября 2014 года на основании директивы МЧС России от 14.08.2014 г. Красноярский авиационно-спасательный центр МЧС России переведен на новый штат.
С 28 апреля 2017 года на основании директивы МЧС России от 28.04.2017 г. Красноярский авиационно-спасательный центр МЧС России переименован в Красноярский комплексный авиационно-спасательный центр МЧС России.